MicorRNA solexa数据分析方案
＊基本分析
1.测序结果分类将分为microRNA, piRNA, tRNA, snRNA, rRNA, snoRNA 等，最后绘制饼图分布。
2.计算已知 microRNA 的表达量（序列个数），对于处理-对照实验设计采用Audic Claverie test筛选两个样本间的差异表达microRNA。
3.预测新的 microRNA 基因
我们根据solexa测序得到的未知序列信息，结合基因组提供的序列上下文信息，使用miRDeep预测solexa测序得到的未知序列中可能存在的novel microRNA。
4．进化分析
跨物种比较microRNA 序列的保守性及种子序列的保守性。对于一个物种预测出来的新的microRNA,结果示例(对号表示序列完全一致，灰度升高表示保守性依次降低)。
5． microRNA 基因簇分析
将新预测的microRNA 在基因组上定位，并寻找可能同时转录的microRNA。

＊探索性分析
1．microRNA 编辑
microRNA 可能发生部分位置碱基的编辑，导致种子序列改变，从而导致靶基因发生改变。如：5th T->G。位于seed序列的中间，将直接导致靶基因发生变化。
2．Viral microRNAs
solexa 结果由于测出的序列较多，带有病毒来源的microRNA，可能与病毒感染或共生有关。
3．natural antisense miRNAs
microRNA 是stem-loop 结构。其反义链也是stem-loop 结构。同样也能形成microRNA，这是一类新的microRNA。 其反义链也是发卡结构。
而在solexa测序结果中也能测到anti-sense的序列。因此生物体能存在自然反义microRNA,这是一种全新的microRNA种类。
4．Endogenous siRNA
由假基因或基因组重复序列生成。
5．Si-tRNA等
其他种类small-RNA 也正在慢慢的出现。我们也有一些新的证据表明还存在一些其他的small RNA。因此欢迎一起合作和开发。如：tRNA由三叶草型二级结构变为发卡环结构，结果也可以生成microRNA。
6．SNP 分析
包括前体及成熟体中SNP 的寻找，对靶基因影响等。限于人、小鼠等有SNP 数据的生物。
7．另外
由于单独的microRNA solexa数据略显单薄，我们同时也提供microRNA solexa与表达谱solexa结合分析、microRNA solexa与蛋白质谱结合分析、microRNA solexa与专业文本挖掘的结合分析、microRNA solexa与microRNA靶基因和转录因子三组分网络的构建与分析等服务。